人気番組「犯罪捜査官ネイビーファイル」のスピンオフドラマ。
アメリカ海軍を舞台にした犯罪捜査ドラマ。犯罪だけでなく、法廷、軍、政治、法医学、テロなど様々な要素が盛り込まれた、最初から最後までスリリングな展開で物語が展開する。
従来のアクションドラマを越える作品で、常に緊迫感あふれる状況の中で一緒に働く、まったく個性の異なる捜査官たちが要所にユーモアを散りばめながら、活躍する複雑で生き生きとしたチームの姿を描いている。
NCISに所属する特別捜査官のリロイ・ジェスロ・ギブス。元海兵隊軍曹という経歴の持ち主で、普段は口数の少ない男。ギブスの部下、特別捜査官アンソニー・ディノッゾは元殺人課の刑事。一見ただの優等生に見える彼だが、事件に対する直感は誰よりも優れている。科学捜査のスペシャリストであるアビー・シュートは、ブラックなユーモアとゴシックスタイルの外見が印象的な女性科学者。特別捜査官ティモシー・マクギーはマサチューセッツ工科大卒の秀才で捜査の経験は浅いものの、コンピューターの知識では誰にも負けない。
この個性的なチームを助けるのが検視官のドナルド・“ダッキー”・マラードだ。死体をくまなく監察しチームに貴重な情報を与える。チームは、テロにより特別捜査官ケイト・トッドを失うという悲劇を乗り越え、いっそう強い団結力のもと事件に立ち向かっていく。殺人、テロに関する諜報活動、潜水艦の強奪事件まで、海軍や海兵隊関係者が関与するすべての事件を捜査するため、捜査官たちは世界を飛び回る。